Un'epigrafe riportata dal Granata data la fondazione della Chiesa del Convento di S.Benedetto nell'anno 1084 per opera dell'abate Desiderio di Montecassino, ma sicuramente le sue origini, sono antecedenti a tale data; infatti, lo storico Ottavio Rinaldi, patrizio capuano, nelle sue "Memorie storiche della fedelissima citta' di Capua", ricostruisce la nascita di tale complesso religioso.
Il monastero dei cassinesi, in Teano, era privo di pastore ed il principe Landulfo scelse, per le sue virtu' religiose, Giovanni, arcidiacono della chiesa metropolitana di Capua, questi convinse i monaci di Teano a lasciare la loro sede e a seguirlo ed avendo avuto dall'abate Godelperto un terreno presso la posta di S.Angelo, dove sorgeva una piccola chiesa con annessa una casetta abitata da pochi monaci, penso' di gettare le fondamenta in onore di S.Benedetto.
In breve tempo edifico' il magnifico tempio, fabbrico' le officine e raccolse a vivere con lui oltre cinquanta monaci.
Il monastero fu dotato ed arricchito di preziose suppellettili di argento e di gemme per il servizio della chiesa ed in seguito l'abatae Aligerno forni' molti altri ornamenti, vi fabbrico' le campane e vi aggiunse il "titolo e la confessione" ossia il presbiterio e l'altare maggiore.
Nell'anno 915 divenne dimora dei cassinesi di Teano costretti a lasciare il loro convento perche' distrutto da un incendio.
Intorno al 1084 la chiesa visse un momento di decadenza, ma Angiulfo di Salerno, ex architetto divenuto monaco con il nome di Desiderio, di dedico' completamente a riedificarla e la fece "ben alta e magnifica, avente 98 cubiti di lunghezza e 40 di altezza e lunga 52 con nove colonne da ciascuno dei lati".
In questa chiesa avvenne la famosa conferma di Desiderio a Papa dopo Gregorio VII e alla quale rispose positivamente assumendo il nome di Vittore III.
All'inizio del XIII secolo i monaci lasciarono Capua e l'abbazia divenne commendataria, cioe' governata da un responsabile nominato di volta in volta dal Papa.
Per interessamento del Card.Bellarmino, nel 1612 arrivarono i Gesuiti a Capua che consacrarono la chiesa ai Santi Francesco Saverio ed Ignazio di Lojola.
Risalgono alla loro presenza l'ampliamento del monastero> la realizzazione dell'elegante cantoria e la copertura con la volta ad incannucciata.
Nel 1767, con la soppressione della compagnia di Gesu' e l'espulsione dei gesuiti dal regno borbonico, la chiesa ebbe un momento di decadimento, divenendo deposito dell'ospedale situato nell'ex collegio, ma grazie all'interessamento del vescovo capuano Antonino Centore, che a sue spese la restauro', fu riaperta l'8 Dicembre del 1905 e dedicata all'immacolata.
Nel 1927, dopo un ventennio dei gesuiti ritornati a Capua su invito del Card. Capecelatro, la chiesa fu affidata al parroco della parrocchia dei Santi Filippo e Giacomo che fino ad allora, mancante di sede propria, funzionava nella prima cappella di sinistra della chiesa Santa Maria delle Dame Monache, il primo parroco fu don Leopoldo Valletta.
Nel 1940, per interessamento di Angelina Parente, sorella del vescovo Edoardo, giunsero a Capua i Cappuccini ai quali Mons. Salvatore Baccarini affido' la cura pastorale parrocchiale. Nel 1987 essi hanno lasciato chiesa e convento e tutto e' ritornato alla chiesa arcidiocesana che la ha affidata prima a Don Rosario Ventimiglia e dal 1996 a Don Giovanni Branco.